Habitado antes da chegada dos homens brancos pelos povos indígenas cintalarga, rikbaktsa e enawenê-nawê, o município abriga duas grandes áreas indígenas e ainda a Estação Ecológica de Iquê.
O início da ocupação não indígena aconteceu através da construção da rodovia AR-1, que liga a cidade de Vilhena, no Estado de Rondônia, à de Aripuanã, de difícil acesso na década de 1970, sendo conhecida por ?Terra Esquecida?. O Projeto Juína, que previa a implantação de uma cidade no meio da selva amazônica, foi idealizado por diretores e funcionários da Companhia de Desenvolvimento de Mato Grosso (CODEMAT) e diretores da SUDECO ? Superintendência de Desenvolvimento do Centro Oeste, e foi formalizado a 23 de janeiro de 1976. A influência do então senador Filinto Müller levou à aprovação de lei no Congresso Nacional dando poderes ao Estado de Mato Grosso para a licitação da imensa área destinada ao futuro município. Dois milhões de hectares foram vendidos, principalmente para ruralistas do sul do país. À prefeitura do município de Aripuanã foram cedidos 117 mil ha às margens do rio Juruena e mais 65 mil ha às margens do rio Aripuanã. A área do projeto, aproximadamente 411 mil ha na região do Alto Aripuanã e Juína-Mirim, do km 180 a 280 da rodovia AR-1, ocupou as terras de maior fertilidade. Elaborado em 1977, foi aprovado pelo INCRA através da portaria nº 904, de 19 de setembro de 1978.
O projeto original previa a divisão da cidade em módulos. Cada módulo tinha 35 ha, incluindo ruas e projeto urbanístico. Os lotes mediam 12x40 m e depois passaram a 15x40 m. O projeto que resultou no surgimento de Juína, foi considerado o maior êxito de colonização na Codemat. A partir de 1978 inúmeras famílias, especialmente do centro-sul do país, migraram para esta região. O crescimento acelerado levaou à criação do distrito de Juína, em 10 de junho de 1979, jurisdicionado ao município de Aripuanã. Juína passou a município em 9 de maio de 1982, com área de quase 30 mil quilômetros quadrados, desmembrado do município de Aripuanã.
A partir de 1976, foram descobertas ricas jazidas diamantíferas na região, através de pesquisas identificadas pela SOPEMI ? Sociedade de Pesquisas Minerais e pelo Projeto RADAMBRASIL. A garimpagem de diamantes acabou fazendo história em Juína. Foi escolhida pelos irmãos Ben?Davi, compradores de diamantes, para a instalação da ?Bolsa de Diamantes?, que adquiriu, por longos anos, considerável lote de gemas. O comércio diamantífero não escolhe lugar nem hora para ser realizado. Basta sair nas ruas da cidade para se dar conta desta realidade. Até na estação rodoviária existem compradores de gemas. É o maior produtor de diamante industrial do país, seu subsolo abrigar jazidas cuja exploração pode durar 50 anos.
A garimpagem expôs de fósseis de animais pré-históricos, após trabalho desenvolvido a 6 metros de profundidade, na fazenda São Luiz, localizada na linha-3. Mas a quase totalidade destas peças encontradas são jogadas fora ou mesmo escondidas, por existir lei que proíbe a garimpagem em áreas de sítios arqueológicos.
O município cresce no campo da pecuária: as culturas perenes de guaraná, seringueira, cacau e café, que tiveram incentivo na década de 1980, encontravam-se em meados dos anos 90 em franca decadência
Fonte: Secretaria de Administração do Município
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